荒海水井的解锁需要完成一系列复杂的解谜步骤，主要涉及雷元素机关激活、留念镜使用以及水位控制等机制。首先需要传送到荒海区域的陆地传送锚点，找到樱花树附近的井口，井口周围分布着四个雷元素机关柱。这些机关柱需要玩家通过雷元素攻击或特定技能调整方向，使所有柱子的图标朝向同一面才能激活。激活后井口的第一层封印解除，可以进入井内探索。
进入井底后，玩家需要装备任务道具留念镜，对准井底的三个小狐狸雕像进行扫描。扫描后雕像会消失并出现新的机关装置，分别启动这些机关即可打开井底通道入口。这一步骤需要留意小狐狸雕像的位置较为隐蔽，可能分布在鸟居附近或墙壁角落。使用留念镜时需确保已通过世界任务神樱大祓获得该道具，否则无法继续解谜流程。
水位控制是荒海水井解谜的核心环节。在完成井底初步探索后，玩家需要找到五个雷元素方碑组成的机关阵列。解谜方法是在机关初始状态下，按照特定顺序击打方碑：先击打右边第二个方碑两次，再击打左边第二个方碑两次，接着击打左边第一个方碑两次，最后击打最左边方碑一次。正确操作后所有方碑纹路将被点亮，水位随之下降，露出新的可探索区域。
水位下降后继续深入探索，会遭遇新的雷元素机关和镇物放置点。玩家需要获取雷种子并利用其穿过屏障，用雷元素攻击大狐狸雕像获取镇物，随后将镇物放置在指定鸟居处。完成这些步骤后会触发最终挑战，击败出现的敌人即可完全解锁荒海水井区域，获得包括宝箱在内的各种奖励。整个过程需要较强的观察力和逻辑思维能力，部分环节可能需要多次尝试才能正确完成。
